Tuvākajā nākotnē japāņu zinātnieks izstrādā elektrisku eksoskeletu ar nosaukumu “Infinite Stratos” (IS). Tā kā tās tehnoloģijas un kaujas spējas ir daudz progresīvākas nekā jebkurai citai ieroču sistēmai, IS draud destabilizēt pasauli. Saskaroties ar tik varenu ieroci, pasaules valstis pieņem “Aļaskas līgumu”, kurā teikts, ka IS nekad netiks izmantots militārām kaujām un ka esošā IS tehnoloģija ir vienādi jāizplata starp visām valstīm, lai neļautu nevienai nācijai dominēt. citi. Tomēr IS ieviešanai ir liela ietekme uz sabiedrību. Tā kā IS var vadīt tikai sievietes, varas līdzsvars starp vīriešiem un sievietēm ir izjaukts, un sievietes sabiedrībā dominē pār vīriešiem.
Desmit gadus pēc pirmās IS ieviešanas pasaule ir iegājusi jaunā miera laikmetā. Mieru tomēr sagrauj kāds negaidīts atklājums. Tiek atklāts, ka 15 gadus vecs japāņu zēns, vārdā Ichika Orimura, spēj vadīt IS. Apzinoties potenciālu, Japānas valdība Ichika ir spiesta apmeklēt prestižo Infinite Stratos Academy – starptautisku akadēmiju, kurā tiek apmācīti IS piloti no visas pasaules. Tā sākas viņa rosīgā skolas dzīve meiteņu ielenkumā.
