Pamatojoties uz populāro otome spēli, Hakuouki seko Chizuru un Shinsengumi alternatīvā realitātē. Čizuru dodas uz Kioto, lai meklētu savu pazudušo tēvu, taču pēc tam, kad viņa bija iesaistīta incidentā, viņu uzņēma Shinsengumi, kur viņa satiekas ar biedriem, tostarp slavenajiem Hijikata Toshizo un Okita Soshi. Čizuru tēvs veica valdības pētījumus Shinsengumi stiprināšanai un izstrādāja ochimizu. Ochimizu ir formula, kas sniedz dēmonam līdzīgu spēku un atjaunojošu efektu, taču, kad to lieto, lietotājs piedzīvo ārkārtīgas sāpes un galu galā pārvēršas par asinīm izsalkušu briesmoni.
Mēģinot aizstāvēt Čizuru, Hidžikata paņem ochimizu un, lai gan situācija tika izglābta, viņu tagad skārusi slimība. Arī Okita ir spiesta lietot formulu, kad viņa tuberkuloze neļauj viņam aizstāvēt Čizuru un sevi. Jūtot atbildību par viņu rīcību, Čizuru ir jācīnās ar savu bezpalīdzības sajūtu un jāatrod drosme atbalstīt Shinsengumi.
